Obor biogeochemie se v ČGS zabývá studiem chemických a biologických procesů ovlivňujících životní prostředí ve vztahu k vývoji regionálního znečištění a globálním environmentálním změnám. Využívá k tomu monitoringu koloběhu vody, chemických prvků a sloučenin v síti malých povodí GEOMON. Získaná data jsou vedle hodnocení aktuálních změn v úrovni znečištění za podmínek měnící se zátěže používána při modelování interakce systému hornina-půda-voda-atmosféra-biota.
Datovou základnu pro řadu aktivit projektu poskytuje již šestnáctiletý monitoring látkových toků v síti malých povodí GEOMON.
Lokalizace sítě malých lesních povodí GEOMON monitorovaných od roku 1994
V síti GEOMON se ze čtrnácti malých lesních povodí jednotnou metodikou pořizují vstupní údaje pro výpočet látkových toků ekologicky významných složek. Jedná se o celosvětově uznávaný způsob hodnocení stavu a vývoje přírodního prostředí. Vstup do povodí představuje depozice srážkami na volné ploše (pro většinu složek) a podkorunovými srážkami (pro síru a vodíkové ionty). Jako výstup z povodí je uvažován povrchový odtok. S využitím dat o látkových tocích lze vypočítat i kritické zátěže síry, dusíku a těžkých kovů a jejich případné překročení, což je nový směr v hodnocení znečišťování přírodního prostředí zohledňující jeho kapacitní možnosti dané do značné míry vlastnostmi geologického podloží.
Odběry podkorunových srážek a stoku po kmeni v šumavském povodí Na Lizu
Jeden z dílčích úkolů projektu se zabývá modelováním vlivu klimatické změny na biogeochemické cykly ekologicky významných prvků s využitím modelu MAGIC (Model of acidification of groundwaters in catchments), konkrétně v uplynulém roce se zaměřením na povodí Lysina ze sítě GEOMON ve Slavkovském lese a popisuje možné scénáře budoucího vývoje. Předpokládá se redukce odtoků v letních měsících a posun maxima průtoků z jarních měsíců do zimy.
Měrný přepad v závěrovém profilu povodí Lysina ve Slavkovském lese v létě 2010 a při zimní povodni 7. 1. 2011