Hydrogeologický výzkum a mapování
Hydrogeologická skupina ČGS se zabývá především regionálním hydrogeologickým mapováním a oceněním zdrojů podzemních vod, sestavováním různých typů hydrogeologických map, odhadem regionální dynamiky proudění podzemních vod a hydraulických parametrů ve vrtech, vývojem nových metod čerpacích zkoušek, posouzením kvality podzemních vod, problémy jejich kontaminace a strategií jejich ochrany. Hydrogeologové ČGS se rovněž podílejí na regionálním vymezení nových hydrogeologických rajónů území ČR v měřítku 1 : 50 000.
Prezentace ke stažení ze seminářů v rámci projektu "Zpracování technických podkladů a jednotné metodiky pro hydrogeologický průzkum podzemních vod ČR":
Povodně a sesuvy
Nemalou část svých aktivit věnují inženýrští geologové ČGS řešení problémů skalních řícení a sesuvů. Zpracovávají doporučení k nápravným opatřením po záplavách v ČR stejně jako posouzení geologických rizik spojených se zemětřeseními a sopečnou činností ve Střední Americe. Projekty studia a mapování svahových deformací byly v ČR zahájeny po katastrofických záplavách v roce 1997, které rovněž způsobily vznik sesuvů, a to především na severní Moravě. Od té doby byly dokumentovány a posouzeny tisíce sesuvů a bylo zahájeno detailní mapování nejpostiženějších oblastí a speciální výzkum vybraných lokalit, doplněný georadarovým profilováním a vrtnými pracemi.
Úložiště radioaktivního odpadu
Od roku 1991 se ČGS podílí na projektech úložiště vysoce aktivního odpadu v ČR, organizovaných a financovaných Správou úložišť radioaktivního odpadu. Současný projekt zahrnuje komplexní detailní geologický, geofyzikální a geochemický výzkum, včetně vrtných prací a systému testů v žulovém masivu na testovací lokalitě Melechov.
Geologické ukládání CO2
ČGS je svou účastí v mezinárodních projektech GeoCapacity a CO2NET-EAST průkopníkem mezi novými zeměmi EU ve výzkumu ukládání oxidu uhličitého do vhodných geologických struktur s cílem omezení vypouštění skleníkových plynů do atmosféry.
Pokročilé sanační technologie
Technická univerzita Liberec založila v roce 2005 společně s Českou geologickou službou a firmou AQUATEST sdružené multidisciplinární výzkumné centrum „Pokročilé sanační technologie a procesy“, zaměřené na studium přírodních procesů s vazbou na tvorbu inženýrských systémů pro komplexní posouzení vlivu průmyslových činností na životní prostředí.
Geofyzikální databáze
Česká geologická služba a Miligal, s.r.o., ve spolupráci s ČGS-Geofond, zahájily v září 2006 práce na mezinárodním projektu GEOMIND, který spolufinancuje Evropská komise v rámci unijního programu eContentplus. Hlavním cílem projektu je poskytnout detailní přehled o geofyzikálních databázích, spravovaných různými organizacemi ve zúčastněných zemích, používajících různé standardy a různé jazyky, a vytvořit v prostředí Internetu jednotný integrovaný geofyzikální informační systém, který umožní následné zahrnutí dalších evropských datových zdrojů.